Озера плоскогорья Укок в Юго-Восточном Алтае в большинстве своем имеют ледниковое происхождение, так как значительная часть плоскогорья в прошлом покрывалась ледниками, а в отдельные периоды здесь возникал ледоем. Многочисленные озера разбросаны среди моренных валов и холмов в долинах рек Акалаха, Карабулак, Кальджин, Калгуты, Муздыбулак, Аргамджи. Большинство этих озер появилось после деградации оледенения. К ним относятся озера на левобережье рек Акалаха, Муздыбулак, Калгуты. Это, как правило, небольшие западинные водоемы, размеры которых в диаметре не превышают 200—300 м.
Наиболее крупными озерами являются озера Кальджинкуль-Бас, Кальджинкуль, Укок, Белое. Это моренно-подпрудные водоемы, расположенные на западе плоскогорья. Первых два озера находятся на приподнятом над долиной р. Акалахи выровненном участке на высоте около 2400 м. Так западное озеро Кальджинколь-Бас расположено на высоте 2405 м, имеет длину 3,7 км (с запада на восток), максимальную ширину 2,3 км. Берега озера низкие, заболоченные. Восточнее, в 1 км, находится озеро Кальджинколь. Оно располагается на абсолютной высоте 2401,8 м. Длина озера 3,7 км, но длинная ось озера тянется с севера на юг. Максимальная ширина этого озера 2,3 км. Оба озера соединены протокой. Из озера Кальджинколь вытекает река Кальджин. Глубина озер не известна, но по косвенным признакам, скорее всего не превышает первый десяток метров.
Озеро Укок расположено на абсолютной высоте 2416 м в долине реки Карабулак, имеющей пологие склоны (к югу от долины р. Кальджин). Озеро лежит в небольшой котловине выпаханной ледником, склоны которой представлены выходами гранитов, лишь кое-где прикрытыми маломощной донной мореной. Озеро имеет длину 2,4 2м, ширину 1,25 км. Максимальная глубина озера 3,5 м.
Озеро Белое находится в верхней части долины реки Акалахи на абсолютной высоте 2258 м, в 5,3 км от Алахинского ледника. Длина озера 2,1 км, максимальная ширина 1,2 км. Озеро имеет ледниковое происхождение. Его плотина представлена моренным валом. Озеро имело в относительно недавнем прошлом размеры в два раза большие, о чем свидетельствует терраса высотой 5 метров, распространенная в озерной котловине. Ниже Белого озера в долине р. Акалахи распространены многочисленные пойменные и термокарстовые озера.
В долине реки Муздыбулак находится одноименное озеро, которое имеет характерную треугольную форму. Оно возникло у подножья мощной морены Акалахинского древнего ледника. Озера расположено на абсолютной высоте 2401 м, имеет длину 2,8 км, максимальную ширину в южной части — 1,5 км и 0,3 км в северной, на выходе реки Муздыбулак. В долине р. Муздыбулак, которая выработана в моренных отложениях древнего ледника, присутствуют еще несколько небольших моренно-подпрудных озер. Все они имеют небольшие размеры и глубину от 2 до 4 м.
Озеро Гусиное располагается в Калгутинской части Бертекской котловины на абсолютной высоте 2217 м. Оно имеет небольшие размеры: длина 1,2 км, ширина 0,8 км. Это озеро термокарстового происхождения. Оно одно из многих остаточных термокарстовых озер, которые были свидетелями существования крупного подпрудного озера, занимавшего Калгутинскую часть Бертекской котловины.
На берегах практически всех озер отмечены рыхлые отложения, которые говорят о существовании «озерного» периода в горах Алтая в недавнем прошлом.
На востоке плоскогорья Укок, в верховьях долин рек Джазатор и Тархата располагаются такие крупные озерные водоемы как оз. Каракольнур (абсолютная высота 2388,9 м, длина 3,7 км, ширина 1,35 км), оз. Зерлюкольнур (абсолютная высота 2313 м, длина 4,8 км, максимальная ширина 0,6 км), оз. Тунгурюк (абсолютная высота 2341,7 м, длина 2,1 км, ширина 0,5 км), оз. Тархатинское (абсолютная высота 2325,8 м, длина 1,2 км, ширина 0,5 км). Все эти озера располагаются в котловина, выпаханных древним ледником, среди донной морены.
