Озеро Беленькое находится в центральной части Кулундинской аллювиальной равнины на абсолютной высоте 107,1 м. Озерная котловина плоская с очень пологими склонами. Дно плоское, покрытое слоем иловых отложений мощностью 0,5—0,9 м. Площадь водного зеркала составляет 4 кв.км. Средняя глубина достигает 3 м. Общая площадь водосбора насчитывает 477 кв.км.
У озера отсутствуют притоки, сток также отсутствует. Вода представляет собой сульфатную рапу.
