Верховья реки Катуни, главной артерии Горного Алтая, более века привлекают внимание исследователей. Идея о создании здесь заповедника прозвучала еще в 1917 году. Ее автор — В. П. Семенов-Тян-Шанский. Уже тогда было ясно: необходимо сохранить уникальные комплексы и решать проблемы восстановления численности редких и исчезающих видов растений и животных.
После завершения и принятия плана развития в 2000 году, заповедник вошел в систему биосферных резерватов ЮНЕСКО.
Территория заповедника представлена высокогорными, среднегорными и горно-долинными ландшафтами. Здесь много ледников и снежников, обрывистых скал, горных потоков с водопадами, небольших озер. На сегодняшний день выявлено 700 видов растений, из которых 22 занесены в Красную книгу России и Республики Алтай. Обитают на охраняемой территории 51 вид млекопитающих, 130 видов птиц, три вида пресмыкающихся и восемь видов рыб.
